令和9年青色申告特別控除の改正ポイントとfreee設定方法を解説

こんにちは。足立区北千住の税理士根岸です。

税制改正により、令和9年分から青色申告特別控除の適用要件と控除額が変わります。不動産所得・事業所得がある個人事業主の方に大きな影響のある改正です。

今回は、令和9年から青色申告特別控除がどう変わるのか、そして最大「75万円控除」を受けるための2つのルートの違いや、freee会計を使っている方が75万円控除を受けるための対応について解説します。

青色申告特別控除の改正内容

まずは、令和8年分までと令和9年分からの控除額と適用要件の違いを見てみましょう。

改正前(令和8年分まで)

控除額	適用要件
65万円	複式簿記＋電子申告(e-Tax)又は優良な電子帳簿の保存＋期限内申告
55万円	複式簿記＋期限内申告
10万円	簡易簿記

改正後(令和9年分から)

控除額	適用要件
75万円	複式簿記＋電子申告(e-Tax)＋優良な電子帳簿の保存又はデジタルシームレス保存＋期限内申告
65万円	複式簿記＋電子申告(e-Tax)＋期限内申告
10万円	簡易簿記＋前々年の収入が1000万円以下

国税庁が経理の電子化を強く推進している背景があり、要件を満たした事業者にはより手厚い控除(75万円)が用意される一方で、従来のアナログな方法を続ける事業者には厳しい内容となっています。

改正により「大きくマイナスの影響」を受ける2つのケース

最大控除額が75万円に引き上げられたことに注目されがちですが、今回の改正により大きくマイナスの影響(控除額の減額)を受けてしまうケースが2つあります。

①今まで複式簿記で「紙申告」を行ってきた方

• 改正前控除額：55万円
• 改正後控除額：10万円

今まで複式簿記で紙申告を行ってきた方は、改正後も紙申告を続けていると控除額が45万円も下がることになります。

紙申告からe-Taxによる電子申告へ切り替えれば65万円以上の控除を受けることが可能になります。マイナンバーカードとスマートフォンがあればe-Taxの導入は難しくありませんので、早急な切り替えを強くおすすめします。

②今まで簡易簿記で申告を行い「前々年の収入が1000万円を超える」方

• 改正前控除額→10万円
• 改正後控除額→0円

簡易簿記により10万円控除の適用要件に「前々年の収入が1000万円以下であること」が新たに追加されました。

前々年の収入が1000万円を超えている方は、改正後も簡易簿記で申告を続けていると控除額は0円となってしまいます。これは「売上が多いなら、簡易簿記ではなくしっかり複式簿記で帳簿をつけてください」という国からのメッセージと考えられます。

簡易簿記から複式簿記へ移行すれば、再び控除を受けることが可能になります。

※不動産所得に関しては、事業的規模ではない(業務規模の)方に限り、前々年の収入が1000万円を超えていたとしても従来どおり10万円控除を受けることができます。

最大控除額75万円を受けるための「2つのルート」

令和9年分から75万円の控除を受けるためには、従来の「複式簿記＋電子申告(e-Tax)＋期限内申告」という要件に加えて、「①優良な電子帳簿の保存」又は「②デジタルシームレス保存」のどちらかに対応する必要があります。

この2つの違いとハードルの高さを解説します。

①優良な電子帳簿の保存(ハードル：高め)

「優良な電子帳簿」とは、電子帳簿保存法で定められた一定の要件を満たして保存された帳簿のことをいいます。
具体的には、入力したデータについての訂正や削除の履歴が残り、取引日・金額・取引先で検索ができるなどの機能が求められます。単に「エクセルで帳簿をつけている」「領収書をPDFで保存している」というだけでは要件を満たしません。

当事務所で使用しているfreee会計などの対応ソフトを使用し、厳格な運用ルールを守る必要があります。

この要件を満たすためのハードルを大きく上げているのが「入力期限」が設けられていることです。書類や電子データを受領してから「2か月と7営業日」以内に帳簿の入力をすることが電子帳簿保存法で定められています。
年末に1年分の領収書をまとめて入力するような処理方法ではこのルールを満たせないため、毎月コツコツとタイムリーに帳簿付けを行う体制が必須となります。

②デジタルシームレス保存(ハードル：低め)

デジタルシームレス保存とは、銀行口座の明細、クレジットカードの利用明細、レジシステムの売上データなどを、手入力ではなく「データ連携(API連携など)」によって直接会計ソフトに取り込み、そのまま帳簿として保存する方法です。

freee会計などのクラウド会計ソフトを通じて「自動同期機能」を普段から使っている方にとっては、こちらのルートの方がスムーズに要件をクリアできる可能性が高いと思われます。優良な電子帳簿に比べ、ハードルは比較的低いでしょう。

また、すべての銀行口座やクレジットカードを必ず連携させる必要はありません。 主に利用する口座やカードなど、連携しやすいものから部分的に導入すれば要件を満たすことが可能です。現金取引がある場合も手入力で問題ありません。

freee会計で75万円控除を受けるための対応スケジュール

freee会計を使用している方が75万円控除を受けるためには、選んだルートに合わせて次の対応を済ませておく必要があります。

ルート①「優良な電子帳簿の保存」を選ぶ場合の対応

1.freee会計の優良電子帳簿機能をONにする(令和8年中)

freee会計上で次の設定を行います。

• freee会計にログインし「その他設定-事業所の詳細設定-仕訳関連設定」で仕訳番号形式を「数字・英数字」のいずれかに選択し、保存をクリック
• 「その他設定-事業所の詳細設定-電子帳簿保存法設定」で優良電子帳簿を「使用する」に選択し、保存をクリック

【非常に重要な注意点】
※優良な電子帳簿は年間を通じて取引を記録する必要があり、この機能をONにする以前に遡って履歴を取得することはできないため、令和8年中にこの機能をONにしておく必要があります。
令和9年の取引を登録した後にこの機能をONにした場合は要件を満たせず、75万円控除を受けることができませんので令和8年中の対応が必要となります。

参考：優良帳簿設定をONにする(freeeヘルプセンター)

2.記帳を年間を通じてタイムリーに行う

前述のとおり、記帳を概ね2か月ごとに行っていく必要があります。年に数回まとめて行うような運用では優良な電子帳簿の要件を満たさないため注意が必要です。

3.税務署に届出書を提出する(令和10年3月15日まで)

確定申告期限(令和9年分の場合は令和10年3月15日)までに税務署へ次のいずれかの届出書を提出する必要があります。一度提出すれば効力は継続するため、毎年提出する必要はありません。

• 国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る75万円の青色申告特別控除・過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書(令和9年3月頃公開予定)
• 国税関係帳簿の電磁的記録等による保存等に係る過少申告加算税の特例の適用を受ける旨の届出書(国税庁)

ルート②「デジタルシームレス保存」を選ぶ場合の対応

1. 銀行口座などとの「自動同期（API連携）」を設定する

優良電子帳簿の機能（履歴管理）をONにする必要はありませんが、事業用の銀行口座やクレジットカードをfreeeに同期させる必要があります。

2.税務署に届出書を提出する(令和10年3月15日まで)

確定申告期限(令和9年分の場合は令和10年3月15日)までに税務署へ次の届出書を提出する必要があります。一度提出すれば効力は継続するため、毎年提出する必要はありません。

• 電子取引の取引情報に係る電磁的記録に係る重加算税の加重措置の不適用の特例及び75万円の青色申告特別控除(個人事業者)の適用を受ける旨の届出書(国税庁)

最後に

以上、令和9年からの青色申告特別控除の改正について解説しました。

控除額が減ってしまう可能性がある方や、75万円控除を受けたい方は早めに準備をしていく必要があります。特に設定や届出には期限があるため、「後でやろう」と後回しにすると取り返しがつかなくなる恐れがあります。

ご自身の状況でどの控除額が適用されるのか、また会計ソフトの移行や設定の判断に迷う場合は税理士に相談することをお勧めします。

最後までお読みいただき、ありがとうございました！